Em 20/12/1999, através da Lei 254/99 foi criada a Escola Municipal de Educação Infantil e Ensino Fundamental Flores de Cerrado, que funcionou por cinco anos,no mesmo espaço físico do Colégio Estadual Fruto da Terra. A criação da escola foi necessária para atender os filhos das famílias que vieram para nossa cidade em busca de vida melhor, como a agricultura local oferecia futuro promissor, muitas pessoas migraram para Chapadão do Céu, e com isso teve um crescimento populacional, aumentando também as crianças com idade escolar. Em 2003, surgiu a proposta da Escola Flores do Cerrado passar a ser escola de "tempo integral", atendendo os alunos da zona rural, durante o dia todo, de segunda a quarta feira. Na chegada à escola, os alunos tomam o café da manhã, às 7 horas e 30 minutos vão para a sala de aula, às 10 horas tem o lanche que normalmente é uma fruta, às 11 horas e 40 minutos eles almoçam, ficam de intervalo para descanso até às 12 e 40 minutos, depois voltam estudar. Ás 14 horas e 20 minutos tomam o lanche da tarde, voltam pra sala de aula e saem pra voltar para suas casas às 16 horas e 45 min.. Essa proposta foi pensada, refletida e aceita, para melhorar o tempo do aluno na escola, garantir as refeições em horários adequados e encurtar despesas com o tranporte escolar. Em janeiro de 2005, a Escola Flores do Cerrado foi para o prédio próprio. Em prédio próprio, a Escola passou a atender também de 1ª a 4ª Série (1º ao 5º ano) as crianças da zona urbana, só que nos turnos matutino e vespertino de segunda a sexta-feira.